يُعد فيروس الكورونا المسبب لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية فيروساً حيواني المنشأ (بالإنجليزية: Zoonotic virus)، وهذا يعني أنه فيروس ينتقل بين الحيوانات والناس.
وقد أظهرت بعض الدراسات أنّ الإصابة بالفيروس بدأت من خلال الاتصال المباشر أو غير المباشر مع الإبل المصابة بهذا الفيروس، ويعتقد البعض أنّ الفيروس قد نشأ بدايةً في الخفافيش، وانتقل فيما بعد إلى الجمال، ثم من الجِمال إلى الإنسان.

٢ مصدر سلالته الفيروسية ؟:

إلى الآن لم يعرف مصدر هذه السلالة الفيروسية الجديدة لكن هناك العديد من الاحتمالات:/

قد يكون أحد فيروسات كورونا التي تصيب الإنسان سابقة الذكر حدث له تطفير، وبالتالي أصبحت السلالة الجديدة المطفرة قادرة على إصابة الكلى وهي الخاصية غير الموجودة في فيروسات كورونا الأخرى.
قد يكون الفيروس أحد فيروسات كورونا التي تصيب الحيوان في الأصل ونتيجة لإصابة الإنسان به أصبح الفيروس تحت ضغط مما أدى إلى تكيفه وأصبح الفيروس قادراً على إصابة الإنسان وبالتالي قدراته الإضافية تمثلت في القدرة على إصابة خلايا الكلى بدلاً من إصابة الجهاز التنفسي فقط، يعتقد أن الخفافيش هي مصدر الفيروس الأساسي ولكن لم يثبت بشكل قطعي.

في دراسة حديثة تمكن فريق طبي مشترك من وزارة الصحة السعودية مع جامعة كولومبيا الأميركية ومختبرات "إيكو لاب" الصحية الأميركية من عزل فيروس "كورونا الشرق الأوسط" المسبب للالتهاب الرئوي الحاد من إحدى العينات من الخفافيش بالمملكة. وذكرت الدراسة أن فحص "البلمرة" الجزيئية الخاص بالفيروس قد أجري على عينات جرى جمعها من 96 خفاشاً حياً تمثل سبع فصائل مختلفة، وأيضاً على 732 عينة من مخلفات الخفافيش في المناطق التي سجلت فيها حالات مؤكدة للمرض في السعودية. وأضافت أن عينة واحدة من خفاش حي آكل للحشرات أظهرت وجود تركيبة جينية مطابقة 100% لفيروس "كورونا الشرق الأوسط". كما أظهرت الدراسة أيضاً وجود فيروسات متعددة أخرى من فصيلة كورونا في 28% من العينات التي تم فحصها.

بينما أظهرت دراسة أخرى أعدها فريق هولندي نُشرت في دورية "لانست" للأمراض المعدية، أن الإبل وحيدة السنام قد تكون مصدر فيروس كورونا الشرق الأوسط التي تستخدم في المنطقة من أجل اللحوم والحليب والنقل والسباقات. وجمع فريق البحث الهولندي 349 عينة دم من مجموعة متنوعة من الماشية بما في ذلك الإبل والأبقار والأغنام والماعز من عمان وهولندا وإسبانيا وتشيلي، وأظهرت الفحوصات وجود أجسام مضادة لفيروس كورونا الشرق الأوسط في جميع العينات الخمسين المأخوذة من الإبل في عمان بينما لم يتم العثور على الأجسام المضادة في باقي الحيوانات.